1991年G月，奥西耶克开始处于炮火的笼罩之下，战斗一直持续到1992年5月。斯普利特进行了成功的防卫，但是，1992年夏，这一城市被陷落，斯普利特和整个南部地区同全国其他地区的陆路联系被完全切断，唯一的通道仅有海路一条。这样，去斯普利特分院任教的来自萨格勒布医学院的教师，不得不先乘坐4个小时的公共汽车到达南部的港口城市里耶卡，然后乘7个小时的渡船才能抵达斯普利特.从萨格勒布市前往位于克匈边境的奥西耶克分院的唯一“开放道路”也在零星炮火的控制之下，乘车前往奥西耶克也得坐4个小时的汽车。奥西耶克的所有村庄、东部、北部和南部城郊已被塞军占领，整个城市成天处于空袭的恐怖之中，死尸遍野，到处都是伤员。在这样一种战争环境下，萨格勒布医学院的教师就得考虑，他们是否还能去战火弥漫的分院任教;分院的楼宇在相当程度上也被用于战时服务。

    兵临城下的奥西耶克，迫于政治上的压力，很多人就提出了把这所小小的分院迁住萨格勒布.大多数萨格勒布医学院的教师认为，这个时候去奥西耶克执教是不安全的，所以主张把分院迁去.一部分分院的学生和病人也主张把分院迁往萨格勒布.萨格勒布医学院的院长面对要求迁移分院的压力，虽然表示支持，但是，他最终还是接受了奥西耶克分院多数学生的愿望，以及奥西耶克市市民和奥西耶克总医院职工的要求，让这一分院在奥西耶克继续办下去。

    在1991~992年开学前，奥西耶克市每日受到炮火的袭击。为此，医学院必须作出调整，大多数医学课程在奥西耶克总医院进行，但是，临床前期课程在这一城市的其他地方进行.这场战争及其连续不断的炮轰，使这一分院除医院以外的设施遭到了严重的破坏。因此，当1991 ^-1992学年开始时，所有的课程都放在医院中进行。

    然而，在这一学年中，奥西耶克总医院也遭到了不断的袭击，医院设施被严重破坏。于是，医院决定把病房和教室全部迁移到医院的底层、将连接不同病房的走廊作为空袭掩体.这些走廊根本未加修缮，寒冷、潮湿，但却十分宽敞。这样，走廊便成为进行教学的空间，生活也变得可以忍受了.尽管建筑物处于不断的炮火袭击之下，医院源源不断地接收伤员((4700人)和死难者(800人)，只要教学需要，医院方面总是千方百计地予以满足，医院提供了一个教室，Z间实习操作室，3间供萨格勒布医学院教师住宿的单人套间，25张供学生用的床铺和25个工作场地。