斯、克两国独立后，不再向南联邦上交关税和共和国上交金，分别制定了本国的新税法，对前南联邦的税制进行了改革(主要是开征法人利润税、个人收入税、社会保障税和商品、劳务流通税，建立统一的税收管理机构)。改革的主要方向是简化税种，统一和降低税率，扩大纳税范围，尽可能取消税收减免;支持创造资本，使税收保持公平原则，在市场上尽可能保持“中性”和不介入市场，不防碍市场经济决策。对个人收入税实行累进税制，尽可能考虑个人生活水平和家庭负担;对商品和劳务的课税将逐步降低税率和改为增值税，同时开征消费税，使税收制度逐步与西方国家相一致。目前两国的主要税种是:

    1.所得税(包括法人利润税和自然人收入税)。

    (1)法人利润税:由所有以盈利为目的而从事经营活动并获得利润的法人交纳，斯税率为30%，国内外法人实行统一税率。新建企业头3年分别减免100%,66%和33%，在不发达地区从事经营活动头3年免税，第4年免税50%，第5年免税25%;对增加就业，残疾人就业等也有一定减免。克罗地亚的企业利润税原为4000，后改为3500。对为修复战争破坏的设施进行投资而获得的利润免税，新建企业头3年分别减免10000,50%和2500，在沿海岛屿上新建企业头2年免税，对残疾人占就业人数40%以上的企业免税。克为吸引外资对外国法人利润税优惠一半(17.5%). 1993年10月为降低通胀而对税收进行了调整，法人利润税税率又降为25%，统一了国内外法人的税率。

    <2>自然人收入税。由所有在该国，获得收入的国内外自然人交纳，包括对职工工资、个体劳动者和个体农民收入、资本收入、财产收入、知识产权收入等的课税。斯洛文尼亚的职工工资税以头2个月全国平均工资水平为标准，低于80%的部分，征税12%,8%-16%写的部分，征税22% ,16%.-240%部分，征税25%，超过240环的部分，征税30%。此外，还有农场收入税(按农林用地的地籍收入征收，低于全国平均工资30%都免税，其余税率为8%)、个人经营活动收入税(征税办法与工资税相似)、资本收入税(税率30%)，财产收入税(税率25%)、知识产权税(税率25%)。克罗地亚的自然人收入税经过改革已将各类收入统一，实行个人年终报税制，对总收入按统一税率征收。目前实行的税率是250a(最低工资3倍以下)和35%(最低工资3倍以上)的累进制税率，起征点为总收入扣除法律规定的各项减免和应交纳的社会保障税以后的剩余部分。主要减免是:以全国最低工资水平为标准，职工个人减免为最低工资的60%,赡养配偶减免30%，第一个子女减免10%，第二个子女减免20%，以后每增加一个子女就多减免10%，有残疾家属的减免300%, 1994年7月克提高了全国最低工资水平，其他规定未变，结果因减免部分增加，税收基数提高，在工资总额未提高的情况下增加了职工的净工资。